ATTENTION : stage pourvu
Année 2014 - Stage 1 : Parallélisation d'une application de simulation d'évolution de population bactérienne
Mots-Clés
- Évolution expérimentale in silico
- Aevol
- MPI
- Générateurs pseudo-aléatoires parallèles
Niveau Requis
BAC+4/+5
Maîtres de stage
David Parsons
Description du stage
Durée
6 mois
Contexte
Les bactéries partagent une histoire évolutive commune. Pourtant, en
fonction de leurs styles de vie, de leur milieu ou des conditions
évolutives, elles présentent des structures génomiques et
transcriptomiques très différentes. Ainsi, l’ensemble des
endosymbiontes présente des génomes particulièrement compacts alors
que leurs proches affiliés « libres » sont en général dotés de
génomes beaucoup plus longs et comportent un nombre de gènes jusqu’à
dix fois plus important.
L’origine évolutive de ces structures est aujourd’hui relativement
mal connue et les outils classiques de la biologie évolutive et de
la bioinformatique peinent à répondre à ces questions.
Aevol, développé dans l'équipe Beagle (
https://team.inria.fr/beagle/),
est une plateforme de simulation permettant de faire évoluer in
silico des populations de bactéries virtuelles et d’explorer
expérimentalement les mécanismes de structuration des génomes et
des transcriptomes.
Objectifs du projet/stage
L'objectif du stage est de concevoir et implémenter une version
parallèle d'Aevol en utilisant MPI, ce qui permettra aux
utilisateurs de la plateforme d'avoir accès à une plage plus large
de l'espace de paramètres.
Une contrainte forte du projet est la reproductibilité exacte des
simulations quel que soit le nombre de processus alloués, ce qui
implique une gestion non triviale des générateurs
pseudo-aléatoires.
Compétences
- Langage de programmation : C/C++ avec utilisation de MPI et
éventuellement pthread
- Autonomie et esprit d'initiative, rigueur et méthodologie,
organisation
Informations utiles